{rfName}
CE

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

33

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Garcia-Cabau CAutor o coautorLynch CAutor o coautorSerrano MAutor o coautorSalvatella XAutor o coautor

Compartir

29 d’agost de 2023
Publicacions
>
Article
Sí

CEBPA phase separation links transcriptional activity and 3D chromatin hubs

Publicat a: Cell Reports. 42 (8): 112897- - 2023-08-29 42(8), DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112897

Autors: Christou-Kent, M; Cuartero, S; Garcia-Cabau, C; Ruehle, J; Naderi, J; Erber, J; Neguembor, MV; Plana-Carmona, M; Alcoverro-Bertran, M; De Andres-Aguayo, L; Klonizakis, A; Julià-Vilella, E; Lynch, C; Serrano, M; Hnisz, D; Salvatella, X; Graf, T; Stik, G

Afiliacions

Altos Labs, Cambridge Institute of Science, Cambridge CB21 6GP, UK. - Autor o coautor
Barcelona Inst Sci & Technol, Ctr Genom Regulat CRG, Dr Aiguader 88, Barcelona 08003, Spain - Autor o coautor
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, Baldiri Reixac 10, Barcelona 08028, Spain - Autor o coautor
Cambridge Inst Sci, Altos Labs, Cambridge CB21 6GP, England - Autor o coautor
Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology, Dr. Aiguader 88, 08003 Barcelona, Spain - Autor o coautor
Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology, Dr. Aiguader 88, 08003 Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Department of Genome Regulation, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestrasse 63-73, 14195 Berlin, Germany. - Autor o coautor
Germans Trias I Pujol Res Inst IGTP, Badalona, Spain - Autor o coautor
Germans Trias i Pujol Research Institute (IGTP), Badalona, Spain. - Autor o coautor
ICREA, Passeig Lluis Co 23, Barcelona 08010, Spain - Autor o coautor
ICREA, Passeig Lluís Companys 23, 08010 Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), the Barcelona Institute of Science and Technology, Baldiri Reixac 10, 08028 Barcelona, Spain - Autor o coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), The Barcelona Institute of Science and Technology, Baldiri Reixac 10, 08028 Barcelona, Spain. - Autor o coautor
Josep Carreras Leukaemia Res Inst IJC, Badalona, Spain - Autor o coautor
Josep Carreras Leukaemia Research Institute (IJC), Badalona, Spain - Autor o coautor
Josep Carreras Leukaemia Research Institute (IJC), Badalona, Spain. - Autor o coautor
Josep Carreras Leukaemia Research Institute (IJC), Badalona, Spain. Electronic address: gstik@carrerasresearch.org. - Autor o coautor
Max Planck Inst Mol Genet, Dept Genome Regulat, Ihnestr 63-73, D-14195 Berlin, Germany - Autor o coautor
Univ Pompeu Fabra UPF, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Spain. Electronic address: thomas.graf@crg.eu. - Autor o coautor
Veure més

Resum

Cell identity is orchestrated through an interplay between transcription factor (TF) action and genome architecture. The mechanisms used by TFs to shape three-dimensional (3D) genome organization remain incompletely understood. Here we present evidence that the lineage-instructive TF CEBPA drives extensive chromatin compartment switching and promotes the formation of long-range chromatin hubs during induced B cell-to-macrophage transdifferentiation. Mechanistically, we find that the intrinsically disordered region (IDR) of CEBPA undergoes in vitro phase separation (PS) dependent on aromatic residues. Both overexpressing B cells and native CEBPA-expressing cell types such as primary granulocyte-macrophage progenitors, liver cells, and trophectoderm cells reveal nuclear CEBPA foci and long-range 3D chromatin hubs at CEBPA-bound regions. In short, we show that CEBPA can undergo PS through its IDR, which may underlie in vivo foci formation and suggest a potential role of PS in regulating CEBPA function.Copyright © 2023 The Authors. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.

Paraules clau

colocalizationconformationdomainsgene-regulationgenomemaintenanceprinciplesrevealstransdifferentiation3d genome organizationC/ebp-alphaCebpaChromatin hubsCompartmentsCondensatesCp: molecular biologyGene regulationPhase separationTranscriptionTransdifferentiation

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Cell Reports a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2023, es trobava a la posició 36/205, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Cell Biology.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 1.54. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 13 Nov 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-12-17, el següent nombre de cites:

  • WoS: 13
  • Europe PMC: 2

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-12-17:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 37.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 39 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 8.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 15 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Germany; United Kingdom.

Reconeixements vinculats a l’ítem

We thank the Graf lab members for helpful discussions, and the CRG Genomics, Flow Cytometry and Advanced Light Microscopy core facilities; M.C.-K. was supported by an EMBO postdoctoral fellowship (ALTF 1057-2019) and PCIN-MSCA-fellowship (Ministerio de Ciencia e Innovacion PCI2021-122032-2B) . S.C. is supported by a "La Caixa"Junior Leader fellowship, by the Jerome Lejeune Foundation (JLF#1902) and the Spanish Ministry of Science and Innovation (PID2020-117950RA-I00) . G.S. was supported by the "Fundacion Cientifica de la Asociacion Espanola Contra el Cancer."M.V.N. was supported by People Program (Marie Curie Actions) FP7/2007- 2013 under REA grant 6089 and Juan de la Cierva-Incorporacion 2017. C.G.-C. acknowledges a graduate fellowship from MINECO (PRE2018-084684) . X.S. acknowledges funding from AGAUR (2017 SGR 324) , MINECO (BIO2015-70092-R and PID2019-110198RB-I00) , and the European Research Council (CONCERT, contract number 648201) . This work was funded by the Max Planck Society and partially supported by grants from the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) SPP2202 Priority Program Grant HN 4/1-1 (to D.H.) and by the Spanish Ministry of Economy, Industry and Competitiveness (MEIC) Plan Estatal 2015, SAF.2015-68740-P (to T.G.) . We acknowledge support by the Spanish Ministry of Science and Innovation, to the EMBL partner-ship, the Centro de Excelencia Severo Ochoa, the Josep Carreras Foundation, and the CERCA Programme/Generalitat de Catalunya.