{rfName}
CE

Indexado en

Licencia y uso

Icono OpenAccess

Altmetrics

Investigadores/as Institucionales

Garcia-Cabau CAutor o CoautorLynch CAutor o CoautorSerrano MAutor o CoautorSalvatella XAutor o Coautor

Compartir

29 de agosto de 2023
Publicaciones
>
Artículo

CEBPA phase separation links transcriptional activity and 3D chromatin hubs

Publicado en: Cell Reports. 42 (8): 112897- - 2023-08-29 42(8), DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112897

Autores: Christou-Kent, M; Cuartero, S; Garcia-Cabau, C; Ruehle, J; Naderi, J; Erber, J; Neguembor, MV; Plana-Carmona, M; Alcoverro-Bertran, M; De Andres-Aguayo, L; Klonizakis, A; Julià-Vilella, E; Lynch, C; Serrano, M; Hnisz, D; Salvatella, X; Graf, T; Stik, G

Afiliaciones

Altos Labs, Cambridge Institute of Science, Cambridge CB21 6GP, UK. - Autor o Coautor
Barcelona Inst Sci & Technol, Ctr Genom Regulat CRG, Dr Aiguader 88, Barcelona 08003, Spain - Autor o Coautor
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, Baldiri Reixac 10, Barcelona 08028, Spain - Autor o Coautor
Cambridge Inst Sci, Altos Labs, Cambridge CB21 6GP, England - Autor o Coautor
Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology, Dr. Aiguader 88, 08003 Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology, Dr. Aiguader 88, 08003 Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Department of Genome Regulation, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestrasse 63-73, 14195 Berlin, Germany. - Autor o Coautor
Germans Trias I Pujol Res Inst IGTP, Badalona, Spain - Autor o Coautor
Germans Trias i Pujol Research Institute (IGTP), Badalona, Spain. - Autor o Coautor
ICREA, Passeig Lluis Co 23, Barcelona 08010, Spain - Autor o Coautor
ICREA, Passeig Lluís Companys 23, 08010 Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), the Barcelona Institute of Science and Technology, Baldiri Reixac 10, 08028 Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), The Barcelona Institute of Science and Technology, Baldiri Reixac 10, 08028 Barcelona, Spain. - Autor o Coautor
Josep Carreras Leukaemia Res Inst IJC, Badalona, Spain - Autor o Coautor
Josep Carreras Leukaemia Research Institute (IJC), Badalona, Spain - Autor o Coautor
Josep Carreras Leukaemia Research Institute (IJC), Badalona, Spain. - Autor o Coautor
Josep Carreras Leukaemia Research Institute (IJC), Badalona, Spain. Electronic address: gstik@carrerasresearch.org. - Autor o Coautor
Max Planck Inst Mol Genet, Dept Genome Regulat, Ihnestr 63-73, D-14195 Berlin, Germany - Autor o Coautor
Univ Pompeu Fabra UPF, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Spain. Electronic address: thomas.graf@crg.eu. - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

Cell identity is orchestrated through an interplay between transcription factor (TF) action and genome architecture. The mechanisms used by TFs to shape three-dimensional (3D) genome organization remain incompletely understood. Here we present evidence that the lineage-instructive TF CEBPA drives extensive chromatin compartment switching and promotes the formation of long-range chromatin hubs during induced B cell-to-macrophage transdifferentiation. Mechanistically, we find that the intrinsically disordered region (IDR) of CEBPA undergoes in vitro phase separation (PS) dependent on aromatic residues. Both overexpressing B cells and native CEBPA-expressing cell types such as primary granulocyte-macrophage progenitors, liver cells, and trophectoderm cells reveal nuclear CEBPA foci and long-range 3D chromatin hubs at CEBPA-bound regions. In short, we show that CEBPA can undergo PS through its IDR, which may underlie in vivo foci formation and suggest a potential role of PS in regulating CEBPA function.Copyright © 2023 The Authors. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.

Palabras clave

colocalizationconformationdomainsgene-regulationgenomemaintenanceprinciplesrevealstransdifferentiation3d genome organizationC/ebp-alphaCebpaChromatin hubsCompartmentsCondensatesCp: molecular biologyGene regulationPhase separationTranscriptionTransdifferentiation

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Cell Reports debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 36/205, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Cell Biology.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.54. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-12-15, el siguiente número de citas:

  • WoS: 13
  • Europe PMC: 2

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-12-15:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 37.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 39 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 8.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 15 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Germany; United Kingdom.

Reconocimientos ligados al ítem

We thank the Graf lab members for helpful discussions, and the CRG Genomics, Flow Cytometry and Advanced Light Microscopy core facilities; M.C.-K. was supported by an EMBO postdoctoral fellowship (ALTF 1057-2019) and PCIN-MSCA-fellowship (Ministerio de Ciencia e Innovacion PCI2021-122032-2B) . S.C. is supported by a "La Caixa"Junior Leader fellowship, by the Jerome Lejeune Foundation (JLF#1902) and the Spanish Ministry of Science and Innovation (PID2020-117950RA-I00) . G.S. was supported by the "Fundacion Cientifica de la Asociacion Espanola Contra el Cancer."M.V.N. was supported by People Program (Marie Curie Actions) FP7/2007- 2013 under REA grant 6089 and Juan de la Cierva-Incorporacion 2017. C.G.-C. acknowledges a graduate fellowship from MINECO (PRE2018-084684) . X.S. acknowledges funding from AGAUR (2017 SGR 324) , MINECO (BIO2015-70092-R and PID2019-110198RB-I00) , and the European Research Council (CONCERT, contract number 648201) . This work was funded by the Max Planck Society and partially supported by grants from the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) SPP2202 Priority Program Grant HN 4/1-1 (to D.H.) and by the Spanish Ministry of Economy, Industry and Competitiveness (MEIC) Plan Estatal 2015, SAF.2015-68740-P (to T.G.) . We acknowledge support by the Spanish Ministry of Science and Innovation, to the EMBL partner-ship, the Centro de Excelencia Severo Ochoa, the Josep Carreras Foundation, and the CERCA Programme/Generalitat de Catalunya.