{rfName}
Si

Indexat a

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Nunez-Rodriguez JcAutor o coautorSchikora-Tamarit MàAutor o coautorKsiezopolska EAutor o coautorGabaldon, ToniAutor (correspondència)

Compartir

23 demaig de 2025
Publicacions
>
Article pendent de publicació
No

Simple large-scale quantitative phenotyping and antimicrobial susceptibility testing with Q-PHAST

Publicat a: Nature Protocols. - 2025-05-12 (), DOI: 10.1038/s41596-025-01179-z

Autors:

Nunez-Rodriguez, Juan Carlos; Schikora-Tamarit, Miquel angel; Ksiezopolska, Ewa; Gabaldon, Toni
[+]

Afiliacions

Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Barcelona Supercomp Ctr BSC CNS, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Catalan Inst Res & Adv Studies ICREA, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Comparative Genomics. Institute for Research in Biomedicine - Autor o coautor
Inst Salud Carlos III, CIBER Enfermedades Infecciosas, Madrid, Spain - Autor o coautor
Institute for Research in Biomedicine - Autor o coautor
Veure més

Resum

The characterization of antimicrobial susceptibility and other relevant phenotypes in large collections of microbial isolates is a common need across research and clinical microbiology laboratories. Robotization provides unprecedented throughput but involves costs that are prohibitive for the average laboratory. Here, using affordable materials and open-source software, we developed Q-PHAST (Quantitative PHenotyping and Antimicrobial Susceptibility Testing), a unique solution for cost-effective, large-scale phenotyping in a standard microbiology laboratory. Single colonies are grown in a deep 96-well master plate, from which diluted aliquots are used to generate 96 spots on different experimental plates containing solid medium with the substance and concentration of interest. These plates are incubated on inexpensive flatbed scanners that monitor the growth of each spot by obtaining images every 15 min. A simple, python-based software, which can be used via a graphical interface on various operating systems (https://github.com/Gabaldonlab/Q-PHAST), analyzes the images to infer growth, fitness (e.g., doubling rate) and susceptibility (e.g., minimum inhibitory concentration) measures. With
[+]

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Nature Protocols a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2025, es trobava a la posició 2/86, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Biochemical Research Methods. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-12-30:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 3.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 1 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 4.
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (NÚÑEZ RODRÍGUEZ, Juan Carlos) i Últim Autor (Gabaldon Esteban, Toni).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Gabaldon Esteban, Toni.

[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

The T.G. group acknowledges support from the Spanish Ministry of Science and Innovation for grants PID2021-126067NB-I00, CPP2021-008552, PCI2022-135066-2 and PDC2022-133266-I00, cofounded by ERDF 'A way of making Europe'; from the Catalan Research Agency (AGAUR) SGR01551; from the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme (ERC-2016-724173); from the Gordon and Betty Moore Foundation (grant GBMF9742); from the 'La Caixa' Foundation (grant LCF/PR/HR21/00737); and from the Instituto de Salud Carlos III (IMPACT grant IMP/00019 and CIBERINFEC CB21/13/00061-ISCIII-SGEFI/ERDF). J.C.N.-R. received a predoctoral fellowship from the Spanish Ministry of Science and Innovation (grant number PRE2019-088193). M.A.S.-T. received a predoctoral fellowship from the 'La Caixa' Foundation (grant LCF/BQ/DR19/11740023). Some of the figures were created with BioRender.com The authors thank all of the members of the T.G. group for key support during this work. The authors particularly thank V. d. Olmo, I. Ahaik, D. Fuentes, E. Saus and M. Bernabeu, who provided useful feedback, which was key for the project development.
[+]