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Investigadores/as Institucionales

Nunez-Rodriguez JcAutor o CoautorSchikora-Tamarit MàAutor o CoautorKsiezopolska EAutor o CoautorGabaldon, ToniAutor (correspondencia)

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23 de mayo de 2025
Publicaciones
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Artículo pendiente de publicación
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Simple large-scale quantitative phenotyping and antimicrobial susceptibility testing with Q-PHAST

Publicado en: Nature Protocols. - 2025-05-12 (), DOI: 10.1038/s41596-025-01179-z

Autores:

Nunez-Rodriguez, Juan Carlos; Schikora-Tamarit, Miquel angel; Ksiezopolska, Ewa; Gabaldon, Toni
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Afiliaciones

Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed IRB Barcelona, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Barcelona Supercomp Ctr BSC CNS, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Catalan Inst Res & Adv Studies ICREA, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Comparative Genomics. Institute for Research in Biomedicine - Autor o Coautor
Inst Salud Carlos III, CIBER Enfermedades Infecciosas, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Institute for Research in Biomedicine - Autor o Coautor
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Resumen

The characterization of antimicrobial susceptibility and other relevant phenotypes in large collections of microbial isolates is a common need across research and clinical microbiology laboratories. Robotization provides unprecedented throughput but involves costs that are prohibitive for the average laboratory. Here, using affordable materials and open-source software, we developed Q-PHAST (Quantitative PHenotyping and Antimicrobial Susceptibility Testing), a unique solution for cost-effective, large-scale phenotyping in a standard microbiology laboratory. Single colonies are grown in a deep 96-well master plate, from which diluted aliquots are used to generate 96 spots on different experimental plates containing solid medium with the substance and concentration of interest. These plates are incubated on inexpensive flatbed scanners that monitor the growth of each spot by obtaining images every 15 min. A simple, python-based software, which can be used via a graphical interface on various operating systems (https://github.com/Gabaldonlab/Q-PHAST), analyzes the images to infer growth, fitness (e.g., doubling rate) and susceptibility (e.g., minimum inhibitory concentration) measures. With
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Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Nature Protocols debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2025, se encontraba en la posición 2/86, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemical Research Methods. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-12-30:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 3.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 1 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 4.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (NÚÑEZ RODRÍGUEZ, Juan Carlos) y Último Autor (Gabaldon Esteban, Toni).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Gabaldon Esteban, Toni.

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Reconocimientos ligados al ítem

The T.G. group acknowledges support from the Spanish Ministry of Science and Innovation for grants PID2021-126067NB-I00, CPP2021-008552, PCI2022-135066-2 and PDC2022-133266-I00, cofounded by ERDF 'A way of making Europe'; from the Catalan Research Agency (AGAUR) SGR01551; from the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme (ERC-2016-724173); from the Gordon and Betty Moore Foundation (grant GBMF9742); from the 'La Caixa' Foundation (grant LCF/PR/HR21/00737); and from the Instituto de Salud Carlos III (IMPACT grant IMP/00019 and CIBERINFEC CB21/13/00061-ISCIII-SGEFI/ERDF). J.C.N.-R. received a predoctoral fellowship from the Spanish Ministry of Science and Innovation (grant number PRE2019-088193). M.A.S.-T. received a predoctoral fellowship from the 'La Caixa' Foundation (grant LCF/BQ/DR19/11740023). Some of the figures were created with BioRender.com The authors thank all of the members of the T.G. group for key support during this work. The authors particularly thank V. d. Olmo, I. Ahaik, D. Fuentes, E. Saus and M. Bernabeu, who provided useful feedback, which was key for the project development.
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